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住宅ローン控除の年末調整。2 年目以降の書き方・必要書類・記入ミスの防ぎ方

公開日 2026-11-09

去年家を買って、春に初めての確定申告を済ませた。秋になると勤務先から年末調整の案内が届き、税務署からは同じような書類が何枚も束になって届いている。どれを出せばいいのか、金融機関の書類はまだ来ていないけれど大丈夫か、記入欄の数字はどこから写すのか。2 年目の年末調整は、初めて自分で書く場面なので迷う方がとても多い手続きです。この記事は今週の親記事として、勤務先に出す書類、届く時期、申告書の書き方を想定例の数字で一欄ずつ確認し、よくある記入ミスの防ぎ方までを整理します。今週は、書類が見つからないときの対処、控除額の計算、住民税との関係、ふるさと納税との併用、ご夫婦で借りている場合、転職や繰り上げ返済をした年の扱いを毎日公開します。

結論：2 年目以降の年末調整で押さえる 5 つ

• 年末調整で控除を受けられるのは 2 年目から。 1 年目は確定申告が必要で、2 年目以降は勤務先の年末調整で手続きできます。
• 勤務先に出すのは「控除申告書（下が控除証明書）」の今年の分。 証明書方式の方はこれに金融機関の「年末残高等証明書」を付けます。調書方式の方は残高証明書の添付は不要です。
• 税務署の書類は、残りの年数分がまとめて一度に届きます。 毎年は届きません。束ごと保管し、毎年その年の分を 1 枚だけ出します。
• 控除額は「年末残高・取得対価・借入限度額のいちばん小さい額 × 控除率」。 100 円未満は切り捨て、上限は控除証明書に書かれた控除限度額です。
• 所得税から引ききれない分は、翌年度の住民税から差し引かれます。 ただし上限があり、所得税が少ない方ほど使い切れない額が出ます。

1 年目の確定申告と、2 年目以降の年末調整の違い

1 年目に書いた計算明細書の内容の一部（取得対価や、連帯債務の負担割合など）は、2 年目以降の控除証明書に印字されて届きます。2 年目以降に自分で書くのは、主に年末残高と控除額の計算です。1 年目の控えは、2 年目以降に数字を確かめるときにも使うので、捨てずに保管しておきます。

年末調整で勤務先に出す書類

住宅ローン控除のために勤務先へ出す書類は、方式によって 1 枚か 2 枚です。方式は、お借入れをしている金融機関と入居の時期で決まります。

調書方式とは、金融機関が年末残高の情報を税務署に提出し、税務署から本人に届く書類に年末残高や控除額の見込みが記載される方式です。2024 年以降に入居し、借入先の金融機関が対応していて、契約のときにマイナンバーを記載した「住宅ローン控除の適用申請書」を金融機関に出している場合が典型です。調書方式の方には金融機関から紙の残高証明書が届かないことがあり、それ自体は異常ではありません。どちらの方式か分からないときは、届いた控除証明書に年末残高の数字が印字されているか、金融機関の契約書類に適用申請書の控えがあるかで確かめられます。

税務署の書類は「束」で届く。出すのは今年の 1 枚だけ

1 年目の確定申告を済ませると、税務署から 2 年目以降の控除申告書兼控除証明書が、控除を受ける残りの年数分まとめて送られてきます。たとえば 2025 年に入居して控除期間が 13 年の方なら、2026 年分から 2037 年分までの 12 枚です。翌年以降に新しく届くことはないため、束ごと住宅の書類と一緒に保管し、毎年その年の分だけを切り離さずに提出します。

書類によっては年の表示が「平成 38 年分」のように元号のまま印字されていますが、国税庁は令和 8 年分として扱い、補正は不要としています。1 年目の確定申告で e-Tax による交付を希望した方は、紙の束ではなく e-Tax のメッセージボックスに電子ファイルで届きます。届かない、なくしたという場合の対処は今週の関連記事で詳しく扱います。

申告書の書き方を想定例で確認する

ここからは、次の想定例で申告書の計算欄を埋めてみます。数字はすべて想定です。

• 2025 年 3 月に新築の省エネ基準適合住宅に入居（子育て世帯等の上乗せの対象外）。この区分の借入限度額は 3,000 万円、控除期間は 13 年、各年の控除限度額は 21 万円
• 住宅と土地の取得対価 4,000 万円。お借入れ 3,500 万円、35 年、金利 0.9%、元利均等、2025 年 4 月から返済（毎月の返済額は約 97,177 円）
• 証明書方式。金融機関から届いた 2026 年末の残高証明書の年末残高は 33,499,304 円

実際の用紙の欄の並びや番号は、居住開始の年や住宅の区分で少し違います。上の順番を頭に入れたうえで、用紙の説明に沿って数字を写してください。2019 年以降に入居した方は、控除限度額が税務署から届いた申告書に印字されているので、それと比べれば上限を間違えません。想定例のように年末残高が借入限度額を超えている間は、控除額は毎年上限の 21 万円で同じになり、残高が 3,000 万円を下回った年（この想定では 2030 年）から少しずつ小さくなります。

年末調整で何が戻り、何が住民税へ回るか

年末調整では、1 年分の所得税（住宅ローン控除を引く前の税額）から控除額を差し引き、残った税額に復興特別所得税（2.1%）を加えて 1 年間の税額を確定します。月々の給与から天引きされていた額との差が、12 月か 1 月の給与で戻ってきます（どちらになるかは勤務先によります）。所得税から引ききれなかった分は、翌年度の住民税から一定の上限まで差し引かれます。控除額 210,000 円の想定例で、課税所得（源泉徴収票の「給与所得控除後の金額」から「所得控除の額の合計額」を引いた額）を 3 通りに変えて計算しました。

住民税の上限は、2022 年以降に入居した方の場合、所得税の課税総所得金額等の 5%（最高 97,500 円）です。表はその式で出した目安で、2025 年 12 月までに入居した方には上限の計算に加算が入る調整があり、実際は少し大きくなる場合があります。課税所得 250 万円の想定では、所得税は 0 円になり、天引きされていた所得税（この想定では約 155,700 円）がほぼ全額戻り、残りの 57,500 円は翌年 6 月からの住民税が少なくなる形で効きます。住民税の仕組みと上限の細かい計算は今週の関連記事で扱います。

年末調整までの手順

1. 税務署から届いた束を出し、今年の分を確認する

   令和 8 年分（平成 38 年分と印字されたものを含む）を探します。年の違う用紙を出すと差し戻しになります。電子交付の方は e-Tax のメッセージボックスを開きます。

2. 方式を確認し、残高証明書の要否を決める

   控除証明書に年末残高が印字されていれば調書方式で、残高証明書は不要です。印字がなければ証明書方式なので、金融機関から届く残高証明書を待ちます。届かない場合は早めに金融機関へ再発行を依頼します。

3. 申告書の住所・氏名と計算欄を記入する

   上の表の順番で、年末残高、取得対価、借入限度額のうち小さい額に控除率を掛け、100 円未満を切り捨てます。控除率は入居の年で違うので、用紙に書かれた率を使います。

4. 連帯債務の方は、負担割合を確認する

   ご夫婦などで 1 本の住宅ローンを連帯債務で借りている場合は、年末残高に自分の負担割合を掛けた額で計算します。控除証明書に負担割合が記載されていない場合は、備考欄にもう一方の方の記入が必要です。詳しくは今週の関連記事で扱います。

5. 勤務先の締切までに提出する

   扶養控除等申告書や保険料控除申告書と一緒に出すのが一般的です。電子で提出できる勤務先なら、e-Tax で受け取った電子データをそのまま使える場合があります。

6. 源泉徴収票で、控除が反映されたかを確かめる

   年明けに受け取る源泉徴収票の「住宅借入金等特別控除の額」と、控除しきれなかった額を示す「住宅借入金等特別控除可能額」の記載を確認します。住民税の計算はこの源泉徴収票の情報をもとに行われるため、原則として住民税の申告は不要です。

よくある失敗・見落とし

• 控除率の取り違え。 2021 年までに入居した方の控除率は原則 1%、2022 年以降は 0.7% です。ネットの記入例をそのまま写すと率が違うことがあります。用紙に書かれた率で計算します。
• 年末残高と取得対価の小さい方を使い忘れる。 諸費用を含めてお借入れした場合などは、年末残高が取得対価を上回ることがあります。その場合は取得対価までしか対象になりません。
• 違う年の用紙を出す。 束の中から来年の分を出してしまう例があります。提出前に年を確認します。
• 予定額の残高証明書のまま、実際の残高が変わった。 繰り上げ返済をした、返済が遅れたなどで実際の年末残高が証明書と違う場合は、正しい残高で申告書を出し直す必要があります。
• 調書方式なのに残高証明書を待ち続ける。 調書方式の方は添付不要です。待っている間に締切を過ぎないようにします。
• 年の途中で住まなくなった。 入居後、12 月 31 日まで引き続き住んでいない年は、原則として控除を受けられません（転勤などで家族だけが住み続ける場合などは扱いが異なるため、税務署に確認します）。
• 副業などで合計所得が増えた。 2022 年以降に入居した方は、その年の合計所得金額が 2,000 万円を超えると控除を受けられません。給与以外の所得がある方は注意が必要です。

年末調整で受けられないときは確定申告で

次のような場合は勤務先の年末調整で控除を受けられないため、翌年に自分で確定申告をします。

年末調整に間に合わなかったからといって、その年の控除がなくなるわけではありません。確定申告をすれば同じ額の控除を受けられます。転職した年の扱いは今週の関連記事で詳しく扱います。

他のお借入れがある場合

カードローンや車のローンなど、住宅ローン以外のお借入れがあっても、住宅ローン控除の手続きそのものは変わりません。ただ、このサイトの読者の方に関係しやすい点が 3 つあります。

1. まとめた部分は控除の対象外です。 住宅の購入と同時に、他のお借入れの返済資金を住宅ローンに含めた場合、控除の対象は住宅の取得に充てた部分に対応する残高だけです。残高証明書の額をそのまま書くと控除を多く申告してしまうことがあります。考え方は 住宅ローン控除の対象になる部分とならない部分 で整理しています。
2. 返済の遅れは、年末残高の食い違いにつながります。 予定額で作られた証明書をもとに控除を受けた後、返済が遅れて実際の残高が違った場合は、申告書の出し直しが必要です。住宅ローンの返済日を最優先で守ることは、記録の面だけでなく、手続きの面でも大切です。
3. 戻ったお金の使い道を先に決めておきます。 年末調整で戻るお金は数万〜十数万円になることがあります。金利の高いお借入れの返済に回すのか、予備費として手元に残すのかを、戻る前に決めておくと使い道がぶれません。順番の考え方は 複数社のお借入れを整理する順番 と 手元資金を整理と頭金のどちらに回すか が参考になります。

今週の関連記事（公開予定）

• 控除証明書・残高証明書が見つからない／届かないとき。再交付・電子交付・調書方式
• 住宅ローン控除でいくら戻るか。年末残高・税額・上限から自分で計算する
• 所得税から引ききれない控除は住民税へ。上限と戻り方の違い
• ふるさと納税と住宅ローン控除の併用。上限が下がる仕組みと 1 年目の注意
• ペアローン・連帯債務の住宅ローン控除。夫婦それぞれの年末調整と持分
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よくあるご質問